2012年11月30日-12月2日，项目2012年度进展研讨会由课题六承办，在中科院广州地球化学研究所举行。
此次会议的研讨主题为：①初步分析2012年7月下旬至2012年8月下旬夏季南海航次所获科研资料；②深入对比分析项目所组织的四个不同季节航次、侧重夏季过程研究南海航次取得数据、研讨分析结果和科学问题发现探索；③项目任务完成情况初步讨论和小结，研究成果的集成分析和结题准备与研讨；④数据汇交进展情况分析。同时，此次研讨会全程向中科院广州地化所及广州的科研院所的研究同行开放交流；为检验数据汇交情况和及时汇交数据考量，此次会议邀请科技部数据汇交管理人员专题讲座，为项目的顺利数据汇交查漏补缺，讲解注意事项，分享成功案例。
本次会议共有包括科技部资源环境领域咨询专家、特邀专家、项目专家组成员、首席科学家、课题负责人、研究骨干和项目培养研究生等112人与会；3天的会议日程共进行了52个口头报告，展示了12张研究成果墙报，分组讨论了碳通量与遥感响应、生物泵输出效率、跨陆架输运和模式研究、海洋酸化与生态效应研究四个主题的研究进展和集成分析，集体讨论了研究亮点、项目目标完成情况、下一步工作规划及结题准备等事项。
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